Varianta de coronavirus depistată iniţial în Marea Britanie, B.1.1.7, şi caracterizată printr-o transmisibilitate crescută a fost identificată la Suceava în urma secvenţierilor efectuate la Universitatea „Ştefan cel Mare” (USV), proba biologică fiind recoltată la Spitalul Judeţean de Urgenţă (SJU) de la un pacient venit din Marea Britanie.
Biroul de presă al USV se arată că tulpina secventiaţă aparţine unui lot de 20 de probe ce au fost analizate în ultima săptămână în cadrul Laboratorului de Metagenomică şi Biologie Moleculară al USV, probe provenind de la Institutul Oncologic “Prof. Dr. Ion Chiricuţă” din Cluj-Napoca, Universitatea de Medicină şi Farmacie din Craiova şi SJU Suceava.
În cazul probei menţionate anterior s-a constatat că prezintă mutaţiile înregistrate la nivelul a 4 proteine, şi anume ORF1ab, S, ORF8 şi N.
Aceste mutaţii sunt caracteristice noii tulpini SARS-CoV-2, denumită varianta B1.1.7, 20I/501Y.V1 sau VOC 20201/01.
Adiţional, s-au mai înregistrat 11 alte mutaţii, distribuite in cadrul aceloraşi 4 gene.
Mutaţiile înregistrate la tulpina secvenţiată din Suceava sunt corespunzătoare tulpinii de referinţă B.1.1.7 (20I/501Y.V1)
Mutația N501Y și proteina spike
Dintre mutaţiile observate, prezintă o importanţă deosebită mutaţia N501Y, a proteinei spike (S) responsabilă de ataşarea de celulele gazdei potenţial infectate şi care, conform studiilor, conferă o mai mare transmisibilitate a virusului.
De asemenea, este prezentă mutaţia de l69_70 HV, care poate determina rezultate echivoce (sau chiar fals-negative) la anumite tipuri de teste de diagnostic PCR şi acest aspect poate conduce, indirect, la o rată mai mare de transmitere a virusului, datorate liberei circulaţii a persoanelor infectate, dar cu răspuns fals-negativ la test.
În continuare, celelalte 19 probe neasociate tulpinii britanice vor fi analizate pentru a stabili prezenţa mutaţiilor caracteristice altor noi variante, precum cele identificate recent ca provenind din Africa de Sud şi Brazilia, ce se considera a avea, de asemenea, un grad mai mare de transmisibilitate.
Totodată, vor fi analizate independent toate mutaţiile înregistrate în probele secvenţiate, din punctul de vedere al impactului epidemiologic pe care ar putea sa-l aibă.
Secvenţele obţinute vor fi încărcate în bazele internaţionale de date, pentru a se stabili potenţialele rute de transmisie, precum şi legătura cu alte tulpini, la nivel mondial.
De asemenea, încărcarea secvenţelor în astfel de baze de date, permite cercetătorilor din întreaga lume evaluarea mai precisă a circulaţiei virusului pe Glob şi monitorizarea acelor variante potenţial mai periculoase.
159 de secvențe originare în România
La momentul actual, în principala bază internaţională de secvenţe SARS-CoV-2, GISAID www.gisaid.org , se află înregistrate 159 de secvenţe originare din România, care au satisfăcut standardele de calitate impuse pentru indexare. Dintre acestea, 62 de probe au fost secvenţiate la USV, 29 la Institutul National de Boli Infecţioase “Prof. Dr. Matei Balş” din Bucureşti, 27 la Institutul Naţional de Cercetare Dezvoltare Medico-Militară “Cantacuzino” din Bucureşti şi una la Institutul Naţional de Cercetare-Dezvoltare pentru Microtehnologie – Bucureşti, iar alte 40 de probe recoltate de la pacienţi din România au fost secvenţiate în laboratoare din străinătate.
Comisia Europeană a recomandat ţărilor europene să îşi înnoiască strategiile de testare pentru a răspunde noilor tulpini şi să crească urgent secvenţierea genomică cel puţin până la 5%, preferabil până la 10% din rezultatele pozitive. Aceasta ar însemna efectuarea unui număr între 5.000 şi 10.000 de secvenţieri pe lună în România.
La USV se pot secvenţia lunar aproximativ 500 de probe, în condiţiile în care sunt furnizate consumabilele necesare şi este asigurată dublarea personalului specializat al laboratorului, costurile consumabilelor necesare per probă pentru tehnologia de secvenţiere folosită de USV situându-se sub 1.000 lei.
Activitatea curentă de secvenţiere la USV este parţial finanţată de Ministerul Educaţiei şi Cercetării prin proiectul cu numărul PN-III-P2-2.1-SOL-2020-0142 coordonat de Prof. univ .dr. Mihai Covaşă, coordonarea ştiinţifică în cadrul componentelor biologică, bioinformatică şi medicală fiind asigurată de şef lucr. dr. biolog Andrei Lobiuc, prof. univ. dr. Mihai Dimian şi şef lucrări dr. medic Olga Căliman-Sturdza, în strânsă colaborare cu Laboratorul de diagnostic molecular şi Secţia de boli infecţioase ale SJU Suceava, coordonate de şef lucrări dr. Roxana Filip şi dr. Monica Terteliu, instituţii partenere în acest proiect fiind şi Universitatea de Medicină şi Farmacie “Victor Babeş” Timişoara – echipă coordonată de către prof. dr. Cătălin Marian, Spitalul Clinic de Boli Infecţioase şi Pneumoftiziologie “Dr. Victor Babeş” Timişoara – echipă coordonată de către prof. dr. Cristian Oancea, Institutul Oncologic “Prof. Dr. I. Chiricuţă” Cluj-Napoca – echipă coordonată de către C.S. Ovidiu Bălăcescu, Universitatea de Medicină şi Farmacie Craiova – echipă coordonată de către prof. dr. Mihai Ioana.
